AMGT-TS

An Accurate and Ultra-deep Coverage Method for Large-scale SSR Genotyping with SNPs in the SSR and Flanking Region Compatible

AMGT-TS

An Accurate and Ultra-deep Coverage Method for Large-scale SSR Genotyping with SNPs in the SSR and Flanking Region Compatible

AMGT-TS 使用说明书

AMGT-TS 使用说明书

创建项目

步骤1: 填写创建项目表单包括以下内容

  • 项目名称
  • 项目描述
  • 样品序列文件
  • 参考序列文件

通过点击Next创建项目

step1

步骤2: 执行分析脚本

  • 项目创建完毕后进入步骤2,通过点击Start按钮开始执行分析程序

  • 分析结束后通过点击Next 进入步骤3,查看分析结果

step2

步骤3: 查看分析结果

  • 该界面展示了参与分析程序的样品列表,通过点击某一项的View Analysis Results 查看该样品的全部位点信息

step3

sites

  • 当点击某个位点下的SSR分型结果后,系统将展示该SSR分型的对齐图,该图以重复区为参照将左右剩余的序列进行对齐,第一行是该位点的参考序列,同时针对每种碱基配置不同的背景颜色进行区分。

alignment

项目列表

projectList

该功能展示系统中已创建的项目列表,通过点击View进入项目详情页面,该页面包含以下两部分内容

  • 基础信息:如项目名称;描述;分析结果路径等。

  • 样品列表:与步骤3中的样品列表相同,具体功能请参照步骤3。

viewProject